Specjane Obszary Ochrony Siedlisk  Natura 2000 znajdujące się na gruntach Nadleśnictwa Krasnystaw:

 „Wodny Dół" - Obszar o znaczeniu wspólnotowym (OZW)
Obszar ten pokrywa się z terenem rezerwatu „Wodny Dół", położony jest w pobliżu miejscowości Niemienice. Ostoja leży na Wyżynie Lubelskiej w mezoregionie Wyniosłość Giełczewska i obejmuje wschodnią część uroczyska „Gilimówka". Teren bogato urzeźbiony z licznymi wąwozami lessowymi. Drzewostany rezerwatu reprezentowane są głównie przez zespół grądu kontynentalnego Tilio-Carpinetum. Największą osobliwością tego obiektu jest cieszynianka wiosenna Hacquetia epipactis – rzadki gatunek karpacki, mający w Polsce północno-wschodnią granicę zasięgu.

„Dolina Wolicy" -  obszar o znaczeniu wspólnotowym (OZW)
Obszar obejmuje fragment doliny Wolicy. W dolinie przeważają różne typy zbiorowisk łąkowych. W miejscach o mniejszej wilgotności występują świeże łąki użytkowane ekstensywnie z rajgrasem wyniosłym, złocieniem właściwym. W miejscach wilgotniejszych występują, zajmujące znaczną część obszaru, łąki ze związku Caltion palustris. W starorzeczach wykształca się zbiorowisko z osoką aloesowatą, zabiściegiem pływającym. W drzewostanie dominuje olcha czarna, w podszycie bez czarny.
Powierzchnia obszaru na gruntach zarządzanych przez nadleśnictwo to 0,04 ha. (leśnictwo Łaziska)

„Łopiennik" – obszar o znaczeniu wspólnotowym (OZW)
Obszar położony jest w obrębie Wyniosłości Giełczewskiej (środkowa część Wyżyny Lubelskiej). Dominującym elementem rzeźby są tu wierzchowiny zbudowane ze skał węglanowych pokryte płytką warstwą utworów pylastych, gliniastych i piasków. Obszar leży po dwóch stronach doliny Łopy. Typy siedlisk występujące na terenie ostoi to grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny.
Powierzchnia obszaru na gruntach zarządzanych przez nadleśnictwo to 156,78 ha. (leśnictwo Łosienne)

„Kornelówka" – obszar o znaczeniu wspólnotowym (OZW)
Obszar stanowi niewielki, śródpolny las liściasty zlokalizowany na wzniesieniach lessowo-kredowych Działów Grabowieckich na północ od Zamościa k. miejscowości Kornelówka. Dominują w nim dęby, graby i buki stanowiąc siedlisko zagrożone w skali Europy – grąd subkontynentalny.
Powierzchnia obszaru na gruntach zarządzanych przez nadleśnictwo to 2,53 ha. (leśnictwo Łaziska) 

„Drewniki" - obszar o znaczeniu wspólnotowym (OZW)
Obszar obejmuje zbocza nad niewielkim ciekiem wodnym – Milutką – dopływem Wojsławki. Znaczną część obszaru zajmuje grąd subkontynentalny z panującym w drzewostanie bukiem i grabem. W runie spośród gatunków chronionych występuje: buławnik wielkokwiatowy, wawrzynek wilcze łyko, kopytnik pospolity, gnieźnik leśny, listera jajowata, a na podłożu wapiennym obuwik pospolity. Na zboczach w miejscach odsłonięcia podłoża kredowego występują bogate gatunkowo płaty muraw.
Powierzchnia obszaru na gruntach zarządzanych przez nadleśnictwo to 15,69 ha. (leśnictwo Bończa)

„Guzówka" - obszar o znaczeniu wspólnotowym (OZW)
Obszar obejmuje część rozczłonkowanego kompleksu leśnego z towarzyszącymi mu fragmentami muraw kserotermicznych i zbiorowisk okrajkowych. Typy siedlisk w 99 % stanowi grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny. Obszar  położony jest w sąsiedztwie wsi Guzówka. Z gatunków rzadkich i chronionych występują m.in.: gnieźnik leśny, wawrzynek wilcze-łyko, aster gawędka.
Powierzchnia obszaru na gruntach zarządzanych przez nadleśnictwo to 57,00 ha. (leśnictwo Gorzków)

„Las Orłowski" - obszar o znaczeniu wspólnotowym (OZW)
Obszar obejmuje grąd subkontynentalny z panującym w drzewostanie bukiem i grabem. W runie oprócz gatunków charakterystycznych dla grądów: turzyca orzęsiona, przytulia wiosenna, gwiazdnica wielkokwiatowa, zawilec gajowy, gajowiec żółty pojawiają się także gatunki typowe dla buczyn – żywiec bulwkowaty i buławnik wielkokwiatowy. Obszar ważny ze względu na zachowanie dobrze wykształconego grądu subkontynentalnego będącego tu na granicy swego zasięgu oraz populacji obuwika pospolitego.
Powierzchnia obszaru na gruntach zarządzanych przez nadleśnictwo to 248,53 ha. (leśnictwo Orłów)

„Izbicki Przełom Wieprza"- obszar o znaczeniu wspólnotowym (OZW)
Obszar obejmuje fragment naturalnej doliny Wieprza, ważny dla zachowania siedlisk podmokłych i okresowo podtapianych łąk. Obszar o dużych walorach krajobrazowych. Korytarz ekologiczny rangi krajowej. Powierzchnia obszaru na gruntach zarządzanych przez nadleśnictwo to 0,59 ha. (leśnictwo Namule)

Specjalne Obszary Ochrony Siedlisk Natura 2000 znajdujące się w terytorialnym zasięgu działania Nadleśnictwa Krasnystaw:

„Dolina Łętowni" - obszar o znaczeniu wspólnotowym (OZW)
Obszar obejmuje dolinę rzeki Łętowni od wsi Wierzchowina (na zachodzie) do miejscowości Staw Ujazdowski (na wschodzie). Górny odcinek doliny to obszar rozległych torfowisk, w części użytkowanych jako łąki kośne oraz eksploatowanych (wydobycie torfu), po części nieużytkowany. Dolny odcinek jest wąski, o przełomowym charakterze, silnie podtapianym i na ogół nieużytkowany. Obszar poza gruntami LP.

„Dolina Górnej Siniochy" – obszar o znaczeniu wspólnotowym (OZW)
Ostoja położona jest w Kotlinie Hrubieszowskiej w południowej bruździe. Ostoja obejmuje górny odcinek doliny rzeki Siniochy, dopływu Huczwy. Dolina rzeki Siniochy od Cześnik ( na zachodzie)  do wsi Kotlice (na wschodzie i Miączyn (na północy). Występują tu liczne źródła zasilające zmeliorowane łąki. W obrębie kompleksu łąk zachowały się niewielkie płaty łąk trzęślicowych oraz niewielki płat łąki z marzycą rudą. Obszar rozległych torfowisk w większości użytkowany ekstensywnie (łąki kośne, eksploatacja torfu), po części nieużytkowany. Obszar poza gruntami LP.

„Horodysko" - obszar o znaczeniu wspólnotowym (OZW)
Obszar składa się z trzech części, są to strome zbocza o ekspozycji zachodniej i południowej, o odsłoniętej opoce kredowej. Na płytkich rędzinach wykształciły się zespoły muraw kserotermicznych  min. z omanem wąskolistnym, ostrożniem panońskim, turzycą niską. W miejscach wilgotniejszych tworzy się zbiorowisko z dominacją kłosownicy pierzastej, a w miejscach silnie nachylonych występują zwarte płaty wisienki stepowej.
Obszar poza gruntami LP. 

Obszary Specjalnej Ochrony Ptaków:

„Staw Boćków" -  Obszar Specjalnej Ochrony Ptaków (OSO)
Celem wyznaczenia obszaru jest ochrona populacji dziko występujących gatunków ptaków  oraz utrzymanie i zagospodarowanie ich naturalnych siedlisk. Przedmiotem ochrony są między innymi: zimorodek zwyczajny, rybitwa czarna, bocian biały, bocian czarny, błotniak stawowy derkacz i inne. Ostoja położona jest w mezoregionie Padół Zamojski oraz częściowo w mezoregionie Roztocze Zachodnie. Obejmuję dolinę rzeki Por, która jest dopływem Wieprza wraz ze stawem Boćków. Otwarte lustro wody stawu zajmuje ok. 4 ha. Okresowo staw zarasta zwarty łan osoki aloesowej.